4 hastadan alnan Kovid-19 virüsünün genetik haritas çkarld. Virüsün genetik mutasyonlarndan, Avrupa kaynakl olduu anlald. Bu mutasyon, hastaln iddetini artrmasa da PCR testlerinin duyarlln etkileyebiliyor. çalmay yürüten Prof. Dr. Sadrettin Pençe, Yalanc negatif sonuçlarn engellenmesi için PCR testlerinin periyodik olarak bu mutasyonlara göre revize edilmesi gerekli. Ayrca stanbuldaki bir hasta ile Kayserideki bir hastaya bile farkl virüs bulam olabilir dedi.
stanbul Medeniyet Üniversitesi (MÜ) BLTAM Laboratuvar ve TÜBTAK-MAM Gen Mühendislii Enstitüsünden 7 bilim insannn yaklak 2 ay süren çalmas sonucu, stanbuldaki hastalardan alnan Kovid-19 virüsünün genetik haritas çkarld. MÜ Tp Fakültesi Öretim Üyesi ve Rektör Yardmcs Prof. Dr. Sadrettin Pençenin yürüttüü çalma, virüsün genom mutasyonlarnn izlenmesi, mutasyonlara kar tan testlerinin performansnn revize edilmesi ve a ya da ilaç gelitirilmesi gibi konulara k tutacak. çalmann ilk sonuçlarna göre stanbuldaki hastalardan izole edilerek genetik haritas çkarlan virüs, Avrupa kaynakl. Prof. Dr. Pençe, çalma Mart aynda balad. Geçtiimiz ay ilk aamasn tamamladk. 4 hastadan aldmz virüsün genetik dizilemesini yaparak National Center for Biotechnology Information (NCBI) gen bankasna yükledik. Salgn baladndan beri tüm dünyadan sonuçlar yükleniyor ve karlkl bilgi alveriinde bulunuluyor. Ülkeleraras mutasyon fark olup olmad tespit ediliyor. imdiye dek yüklenmi tüm gen haritalar ile ülkemizdeki Koronavirüsü karlatrdk ve virüslerin Avrupa kökenli olduunu bulduk dedi.
ÜRETLECEK PCR TESTLER BUNA GÖRE REVZE EDLMEL
Prof. Dr. Pençe, stanbuldaki hastalardan elde edilen virüslerdeki mutasyonun, hastalk yapma iddetine herhangi bir etkisinin olmadn anlatarak Bu fark u açdan önemli. Üretilecek yeni PCR testleri bu mutasyonlara göre revize edilmeli. Aksi taktirde yalanc negatif sonuçlarn önüne geçemeyiz ve bu da zincir eklinde tedaviyi, hatta filyasyonu, dolaysyla salgnla mücadeleyi olumsuz etkileyebilir. Ayrca, sadece ülke ya da bölgeler aras deil; ehirleraras bile virüs farkllk gösterebiliyor. Örnein stanbuldaki virüs ile Kayseride de bir çalma var; oradaki virüs ayn deil. Örnein Vanda da muhtemelen farkl bir mutasyon dizisi olacaktr. Bizim bununla ilgili de bir proje çalmamz var yine TÜBTAK ile birlikte. Bütün Türkiyeyi kapsayan bir Koronavirüs genom haritas çkaracaz diye konutu.
MUTASYON N GENNDE, BU GEN KULLANAN TESTLER YANLI SONUç VERR
Prof. Dr. Pençe, Zaten u anda binlerce mutasyon var. Bunun fonksiyonel analizini yapmak gerekiyor. Bu da hastaln iddetinde herhangi bir deiiklie neden olup olmadn tespit etmek anlamna geliyor. Virüs genomundaki bu farkl dizilim hastaln kliniini etkilemese de bu dizilimi kullanan tan kitlerinin sonuçlarn etkiler. Dolaysyla deiik bölgelerdeki hastalardan alnan virüs düzenli aralklarla taranmal ve PCR testleri de belirlenen bu mutasyonlara göre yeniden düzenlenmeli. Kovid-19da iki tan arac var. Biri antijen-antikor tan kitleri, dieri de genetik tabanl tan kitleri, yani PCR testleri. Bizim tespitlerimizde, N geninde mutasyon bulduk. Eer tan kiti bu, N geni üzerinden çalyorsa, Türkiyede doru sonuç alamazsnz demek olur dedi.
YANLI PCR SONUCU SALGINLA MÜCADELEY TOPTAN ETKLEYEBLR
PCR testlerinin yanl sonuç verebilmesinin, tüm dünyada tartlan bir konu olduuna deinen Prof. Dr. Pençe unlar vurgulad: Bakyorsunuz hasta ön tan olarak Kovid pozitif, hastanede tedavi görüyor ancak PCR testi negatif çkyor. çin, ngiltere, talya, Almanya, ABD, dünyann her yerinden pekçok makale var bununla ilgili. Nedenleri hala tartlyor. Nedenler arasnda dört etken konuuluyor; uygun sürüntü alnmyor, sürüntü uygun ekilde tanmyor, RNA izolasyonu uygun yaplmyor veya bu testler emin ellerde çallmyor. Biz bu çalmamz ile bunlara beincisini ekliyoruz ve diyoruz ki PCR tan kitleri virüsteki bu mutasyonlara göre düzenli olarak revize edilmezse, pozitif bir hastann sonucu negatif çkabilir. Bunun için de birkaç ayda bir, düzenli bir ekilde virüsün genetik diziliminin yaplmas lazm. Hatta ülkemizin çeitli bölgelerinden, örnein stanbuldan, Erzurumdan, Gaziantepten, Koronavirüs genleri dizilenip oradan çkacak mutasyonlar dikkate alnarak PCR kitleri dizayn edilmeli.
D614G MUTASYONU TÜRKYEDEK VRÜSÜ DAHA ÖLÜMCÜL YAPMADI
çalmann bir dier aamasnn da hastaln neden herkeste farkl etki gösterdiinin tespit edilmesi olduunun altn çizen Prof. Dr. Sadrettin Pençe, sözlerini öyle tamamlad: Koronavirüs niçin bir ksm insanda semptom oluturuyor, bir ksm insan entübe ettiriyor, bir ksm insan youn bakmda yatryor, bir ksm insanda da hiç semptom oluturmuyor? Bunun cevabn aramak istiyoruz. Yine bu günlerde dünya gündeminde de tartlan konulardan biri de D614g mutasyonu. Amerika ve Avrupada bu mutasyonun görüldüü ülkelerde hastaln daha ölümcül seyrettii yönünde tartmalar var. Ancak bu da tam olarak doruyu yanstmyor çünkü saysal biyoloji kullanlarak yaplan bir modelleme çalmasnn sonucu bu. Bu genetik dizilim yeni ortaya çkm deil. lk makale 26 Ocakta yaynland. Daha sonra da birçok çalmada bu mutasyon görüldü. Ama bu son tartmalar, yeni bir makalede bu mutasyonun, virüsün virulansnda (hastalk iddeti) artmaya neden olduunu söylüyorlar. Oysa biz de ayn dizilimi tespit ettik. zlediimiz 4 hastann virüsünde de bu mutasyonlar mevcuttu. Ama hastalk yapma iddetinde herhangi bir deiiklik olmadn gördük. Mutasyon tek bana bir ey ifade etmez, bir mutasyonun fonksiyonel analizi önemlidir. Bu da klinikteki sonuçlarn tespit etmek anlamna gelir. Biz önce fonksiyonel modelleme yapyoruz daha sonra klinik sonuçlaryla bunu karlatryoruz. Bizim karlatrmamzda böyle bir etki yok.