Kuraya, 5. turdan gelen; Bursaspor, Eskişehirspor, Fenerbahçe ve Trabzonspor seri başı takımlar olarak, 1461 Trabzon, Sivasspor, Medical Park Antalyaspor ve Mersin İdmanyurdu ise seri başı olmayan takımlar olarak katıldı.
Seri başı 4 takım ile seri başı olmayan 4 takım kura ile iki gruba eşit olarak dağıtıldı. Gruplar şöyle oldu:
A Grubu: Fenerbahçe, Bursaspor, 1461 Trabzon, Sivasspor
B Grubu: Trabzonspor, Eskişehirspor, Medical Park Antalyaspor, Mersin İdman YurduMAÇ TARİHLERİ
Gruplarda 1. maçlar 18-19-20 Aralık; 2. maçlar 12-13-14 Ocak 2013; 3. maçlar 15-16-17 Ocak; 4. maçlar 22-23-24 Ocak; 5. maçlar 29-30-31 Ocak ve son maçlar 26-27-28 Şubat tarihleri arasından belirlenecek günlerde yapılacak. Grup müsabakaları sonucu gruplarında ilk iki sırayı alacak toplam 4 takım, Yarı Final müsabakaları oynamaya hak kazanacak.Yarı final eşleşmeleri ise çapraz olacak. A Grubu 1. ile B Grubu 2. karşılaşacak. A Grubu’nun 2. ile de B Grubu 1. karşılaşacak. Yarı final maçlarında ilk maçı grubunu ikinci sırada bitiren takımın sahasında oynanacak.
Ziraat Türkiye Kupası Yarı Final ve Final karşılaşmalarının tarihleri daha sonra açıklanacak.